İsa Yusuf Alptekin, 1901 yılında Doğu Türkistan’ın Kâşgar vilayetine bağlı Yenihisar kazasında dünyaya gelmiştir. Babası Yusuf Bey, annesi Ayşe Hanım’dır. Medrese eğitimi de görmüş olan İsa Bey, Doğu Türkistan’da eğitimini tamamlamıştır. Öğrenciliği sırasında çalışmaya başlamıştır. Toprak vergisinin toplandığı yıllarda vergi memurlarına yardımcı olmuştur. 1923 yılında dış irtibat memurluğu görevini yürütmüştür. Bir süre Batı Türkistan’da kalmıştır. Burada Rus rejimini tanıyıp, Doğu Türkistanlı milliyetçilerle görüşmüştür.

1931 yılında Hoca Niyaz Hacı tarafından başlatılmış olan bağımsızlık hareketine şahit olmuştur ve Çinli idarecilerle halka yapılan zulümlerin engellenmesi gerektiğine dair görüşmeler yapmıştır. 2 Haziran 1932 tarihinde Pekin’e giden İsa Bey, orada Türkistanlı Vatandaşlar Cemiyeti’ni kurmuştur ve Çini Türkistan Avazı adıyla bir mecmua çıkarmıştır. 1936 yılında Çin Millet Meclisi üyeliğine seçilmiştir. 1938’de Japon-Çin anlaşmazlığı konusunda İslam dünyasını bilgilendirmek için görevlendirilmiştir.

1944’te Ali Han Töre liderliğinde İli’de Çin baskıları yüzünden ayaklanma başlamıştır. Çin Devlet Başkanı, İli’den gelen bir heyetle görüşmeleri için İsa Yusuf Bey’in de aralarında bulunduğu bir ekibin Urumçi’ye gitmelerine izin vermiştir. 2 Ocak 1946’da, İsa Yusuf Bey’in de aralarında bulunduğu bir karma hükümet kurulmuştur. 1947’de ise İsa Yusuf Bey, genel sekreterlik görevini üstlenmiştir. Bu görevi süresince Rusya ve Çin’in tepkisini çekmiştir ve 1949 yılında kalabalık bir grupla Doğu Türkistan’dan ayrılmış, Keşmir’e yerleşmiştir.

6 Ocak 1952’de Türkiye’ye hareket etmiştir ve yaptığı ziyaretler ve davalarını anlatma gayreti sonucunda 13 Mart 1952 tarihinde iskânlı göçmen olarak Türkiye’ye yerleşmesine izin verilmiştir. 1954 yılında ailesi ile Türkiye’ye gelmiştir ve 4 Aralık 1957 tarihinde Türk vatandaşlığına kabul edilmiştir. 1965 yılında Doğu Türkistan Göçmenler Cemiyeti’ne başkan olmuştur. 1984’te Doğu Türkistan’ın Sesi adıyla Türkçe, Arapça ve İngilizce bir dergi yayımlamaya başlamıştır.

Mücadelelerine devam ettiği sıralarda, “Bir Doğu Türkistanlı olarak Doğu Türkistan davası, bir Türk olarak Türklük davası, bir Müslüman olarak İslâm davası ve bir insan olarak insanlık davası için hizmet edin” cümlesini kurmuştur. Unutulan Vatan Doğu Türkistan eserinin de yazarı olan Alptekin, 17 Aralık 1995 tarihinde vefat etmiştir.