31 Ocak 1902’de Kasımpaşa’da doğdu. Babası ilmiyeden Mehmed Hayri Efendi, annesi Münevver Hanım’dır. Ana ve baba tarafından beş nesil İstanbulludur. İlk ve orta tahsilinin ardından girdiği Darülfünun’un tarih şubesinden 1924’te mezun oldu.

Henüz öğrenci iken Türk tarihine ait makaleleri Dergah mecmuasında çıktı. Daha sonra Yeni Mecmua, Millî Mecmua, Yeni Türk, Ülkü, Çınaraltı gibi mecmualarda yazıları neşrolundu. 1925’te Macaristan’a giderek Budapeşte Üniversitesi Felsefe Fakültesi’nde Macar Türkolog Gyula Németh’in yanında doktorasını tamamladı. Macaristan’da bulunduğu yıllarda Über Das Kitāb-ı Dede Qorqud adlı eserini yazdı. Başka bir Macar Türkolog olan Arminius Vámbéry’nin A török faj adlı çalışmasını esas alarak Türk Dünyası adıyla bir eser kaleme aldı. 1927’de yine Macaristan’da Budapestiszemle isimli dergide “A turanizmus és a faji érzéf kialakuláfa Török orfzágban” (Turancılık ve ırkçılık hislerinin Türkiye’deki tekamülü), 1930’da Turan dergisinde “A török-magyar rokonság kérdése” (Türk-Macar akrabalık sorunu) adıyla iki makale neşretti.

1930 yılının sonlarına doğru Türkiye’ye dönen Orkun, Ankara Gazi Eğitim Enstitüsü, Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Devlet Konservatuvarı ile Polis Koleji’nde 1931-1945 yılları arasında Türk tarihi ve inkılab tarihi dersleri verdi. 26 Eylül 1932’de toplanan I. Türk Dili Kurultayı’na “Türk Dili’nin M.Ö. 23-24 Asır Önce Varlığı” adlı bir tez ile katıldı ve Gazi Mustafa Kemal’e Türk dilinin Çin tarihlerinde kaydedilmiş en eski dil yadigarları hakkındaki filolojik çalışmasını takdim etti. 26 Eylül 1934’te yapılan II. Türk Dili Kurultayı’nda “Türk Dili’nin Tarihî Akışı ve Filolojisi” adlı bildirisinde “Has İsimlerin Tetkiki” isimli tezini savundu. Kurultay tezleri üzerinde ilmî tetkik yapmak üzere oluşturulan dört heyetten dil karşılaştırmaları heyetine bağlı Takrirler ve Teklifler Komisyonu’na seçildi. III. Türk Dili Kurultayı’nda Güneş-Dil Teorisi ve Dil Karşılaştırmaları Komisyonu’nda görev aldı. 1932 yılında I. ve 1937’de II. Türk Tarih Kongresi’ne âzâ olarak katıldı. Bir süre Atatürk’e Macarca tercümanlık yaptı, Atatürk’le Türk tarihi ve Türk dilinin tetkikine dair çalışmalarda bulundu. 1940’ta Ankara Radyosu’nda her pazar hazırladığı “Türk Tarihi Saati” adlı programda konuşmalar yaptı.

Hüseyin Namık Orkun, “Irkçılık-Turancılık” davasıyla alakalı olarak 7 Mayıs 1944 tarihinde Ankara’da gözaltına alındı, tevkif edildi ve İstanbul Sıkıyönetim Mahkemesi’nde yargılandı. 29 Mart 1945’te beraat edince Ankara’ya döndü. Kitapları ve makaleleriyle çalışmalarına devam etti. 1946’da kurulan Millî Oyunları Yayma Derneği’ne başkan oldu. Bu dernekte hazırlanan anma günlerinde Gaspıralı İsmail, Rıza Nur gibi Türk büyükleri hakkında konuşmalar düzenledi. Türk Ocağı Ankara Şubesi’nin 8 Ocak 1951 tarihinde açılışını gerçekleştiren müteşebbis heyette yer aldı ve son yıllarına kadar Türk Ocağı genel sekreteri olarak görev yaptı. 23 Mart 1956 tarihinde Ankara’da öldü.

Türkçülük fikir hareketinin içinde yer alan Hüseyin Namık Orkun, Türk ırkını en az otuz asırlık bir mazinin ve Tuna’dan Altaylar’a kadar uzanan büyük bir ülkenin, Turan’ın sahibi olarak tanıdığını belirtir. “Türk’e Türk’ü tanıtmak” başlıklı çalışmalarında Türk tarihini ilk devrelerinden itibaren bütün cepheleriyle ele almış, çeşitli kaynaklardan hareketle millî bir tarih şuuru oluşturmaya çalışmıştır. Türk soyunu belirlemenin, antropolojiyle değil bu dili asırlardan beri konuşan insanları bu camia içinde kabul etmekle mümkün olabileceğini savunmuştur. Macaristan’daki Türkoloji ekolünden edindiği metodolojiyi Türkiye’de ilmî çalışmalarına tatbik etmiş, genellikle milliyetçi-Türkçü gazete ve mecmualarda yazılar yazmış, tarihe, edebiyat tarihine, Türk milliyetçiliğine dair eserler ve okul kitapları kaleme almıştır.

Macarca, Almanca ve Fransızcayı iyi; Çince, Arabca, Farsça ve Moğolcayı orta seviyede bilen Orkun’un en hacimli ve mühim eserleri Eski Türk Yazıtları ve Türk Tarihi’dir. İkisi de dört cildden mürekkeb olan bu çalışmalar gerek hacmi ve gerek kullandığı metodoloji ile devrindeki büyük boşlukları doldurmuşlardır. Diğer eserleri ise şunlardır: Über Das Kitāb-ı Dede Qorqud, Türk Dünyası, Attila ve Oğulları, Peçenekler, Oğuzlara Dair, Türk Çocuklarına Ulusal Efsaneler, Türk Hukuku Tarihi, Türk Tarihinin Bizans Kaynakları, Osmanlıların Aslına Dair, Türk İstilası Devrinde Macaristan’da ve Avusturya’da Casuslar, Prens Kalyanamkara ve Papamkara Hikayesinin Uygurcası, Türk Sözünün Aslı, Türk Tarihi Not Hülasaları, Türk Efsaneleri, Yeryüzünde Türkler, Türkçülüğün Tarihi, Büyük Türkçü Süleyman Hüsnü Paşa, Devşirme Yeniçeri Hasan.

Orkun’un çeşitli mecmua ve gazetelerde neşrolunmuş 800’ü aşkın makale ve yazısı, ayrıca Türk Dil Kurumu Kütüphanesi’nde özel eserler bölümünde basılmamış on iki tercümesi vardır.